Marijino brezno je sestavljeno iz več votlin, ki segajo kat 275 metrov globoko pod zemljo in se odpira zahodno od škofjeloškega gradu. Jama je labirint mestoma zelo ozkih rovov. Edini večji prostor je 130 metrov dolga, do 30 metrov široka in do 13 metrov visoka Velika podorna dvorana, ki se izteče v ozek in nizek vodni rov, kjer se zbirajo vode iz jame. Rov se konča s sifonom, potok pa se podzemsko pretaka v bližnjo Soro. Jama se je večidel razvila v oligocenskih glinah in konglomeratih in je najdaljša jama v takih kamninah v Sloveniji. V jami prebiva podnevi oz. prezimuje velika kolonija netopirjev, predvsem malih podkovnjakov (Rhindophus hipposideras), zato je vhod v jamo zaprt, obisk pa možen le po dogovoru z jamarji.