Novo krstilnico so za stolpom na vzhodni strani cerkve postavili sredi 17. stoletja. Zamenjala je predhodnico, podobno centralno osmerostrano stavbo, ki je v 16. stoletju stala na drugi strani cerkve. Piranska zgradba je edina ohranjena krstilnica z osnovno namembnostjo v Sloveniji. Baročno zgradbo poudarja dekorativna, slepa laterna na strehi. Vhod v krstilnico je dvignjen nad ploščad in dvojno stopnišče. Notranji prostor je centralen osmerokotnik. Na severni strani ima prizidan manjši prezbiterij. Krstilnik sredi osmerokotnika je predelan iz rimskega kamnitega izdelka z reliefom delfina in je verjetno najstarejši spomenik Pirana. Na steni visi izjemen vejnat zgodnjegotski križ s kipom Kristusa (beneška delavnica, 1310). Številne slike kažejo postaje Marijinega življenja (16. in 17. stoletje). Posebnost so vzidane plošče s pleteninasto ornamentiko (9.-11. stoletje). Ključe krstilnice hranijo v župnišču.