Kraj ob italijanski meji, se danes deli na Spodnje in Zgornje Škofije, krajani pa delijo Zgornje Škofije na Drugo, Tretjo in Četrto Škofijo. Ime kraja zasledimo prvič v pisnih virih leta 1203, ko je bila celotno območje v lasti tržaških škofov - od tod tudi ime kraja.

Mimo vasi je tekla železnica »Parenzana», na Škofijah pa je bila postaja. Sp. Škofije so bile v letih 1945-1954 z mejo razdeljene med takratnima conama A in B najprej Julijske krajine, nato Svobodnega tržaškega ozemlja. S podpisom londonskega memoranduma se je meja premaknila tja, kjer je še danes. Na Sp. Škofijah je cerkev sv. Mateja, zgrajena 1943 z zvonikom, nenavadnim za to okolje. Leta 1908 se je tu rodil istrski slikar Herman Pečarič, ki je živel in ustvarjal v Piranu.