Il nuovo battistero fu costruito dietro il campanile, ad est della chiesa, nella metà del sec. XVII, in sostituzione del precedente e simile edificio ottagonale che nel sec. XVI era posizionato dall'altra parte della chiesa. Il battistero di Pirano è l'unica costruzione del genere rimasta in Slovenia. L'aspetto barocco è accentuato dalla cieca lanterna decorativa sul tetto. L'ingresso del battistero è innalzato sopra la piattaforma alla quale conducono le scale a due rampe. L'interno è a forma di un ottagono centrale, al quale è annesso un piccolo presbiterio. Il fonte battesimale al centro dell'ottagono è ricavato da un sarcofago romano con un delfino ed è probabilmente il monumento più antico di Pirano. Sulla parete un eccezionale Crocefisso ligneo protogotico (bottega veneziana, 1310). Numerosi i quadri con le tappe della vita della Vergine Maria (secc. XVI e XVII). Sono una particolarità le lastre murate con ornamenti ad intreccio (sec. IX – XI). Le chiavi del battistero si trovano nella canonica.