Le nouveau baptistère situé derrière la tour, du côté est de l’église a été bâti au milieu du 17ème siècle. Il remplaça l'ancien qui était aussi un espace central octogonal similaire et qui, au 16ème siècle, se trouvait de l’autre côté de l’église. La construction de Piran représente l’unique baptistère conservé en Slovénie ayant une fonction de base. L’édifice baroque est mis en évidence par une lanterne opaque décorative sur le toit. L’entrée dans le baptistère est surélevée par rapport à la plate-forme à laquelle mènent des escaliers à double rampe. L’intérieur se compose d’un espace central octogonal. Côté nord, un petit presbytère a été ajouté. Le font baptismal situé au centre de l’octogone provient d'un sarcophage romain, décoré d’un relief représentant un dauphin et est probablement le plus ancien monument de Piran. Une magnifique croix en branche avec sculpture du Christ datant du début du gothique est suspendue au mur (atelier vénitien, 1310). De nombreuses peintures représentent des scènes de la vie de Marie (16ème et 17ème siècle). A noter la particularité des tableaux dans le mur, décorés de motifs tressés (9ème - 11ème siècle). La clé du baptistère est conservée dans le presbytère.