Die Marienkirche hat ihren Ursprung im 13. Jahrhundert. Damals errichteten der Benediktinerorden eine kleine Kapelle, die der Hl. Maria geweiht wurde, 1463 wurde diese Kapelle renoviert und 1512, nach dem Erscheinen der Hl. Maria, eine neue Kirche gebaut. Die Franziskaner der Tridentiner Provinz siedelten sich 1907 in Strunjan an, die Slowenische Provinz übernahm die Marienkirche 1955 und gründete 1961 eine Pfarre.